Die 1990er Jahre läuteten die Handballer der MT Melsungen gleich mit einem Paukenschlag ein: In der Saison 90/91 errangen sie die südwestdeutsche Meisterschaft, womit sich die Mannschaft von Trainer Günter Böttcher für die Aufstiegsspiele zur zweiten Bundesliga qualifiziert hatte. In drei denkwürdigen Relegationsspielen scheiterte das Team um Kapitän Ralf Stremetzne anschließend am TuS Kaiserslautern-Dansenberg. Doch davon ließen sich die Melsunger nicht stoppen. Am Ende der folgenden Saison nutzten die erneut Südwestmeister gewordenen Rot-Weißen ihre Chance und machten gegen den TV Nieder-Olm in zwei Entscheidungsspielen alles klar: den Aufstieg in die zweithöchste deutsche Spielklasse im Handball!

Um Manager Herbert Rausch hatte sich da schon längst ein Team ambitionierter Unterstützer gefunden, die Arbeitsfelder wie Sponsoring, Organisation oder Spielergewinnung bestellten. Namen wie Karl Reinbold, Albin Schicker, Reinhard Kuge und Volker Ludwig stehen hier stellvertretend, die Vereinsführung hatte Conrad Fischer inne. Dennoch sollte es etwas länger als eine Dekade dauern, ehe der MT (nach ihrer 13. Saison als Zweitligist) der Sprung in die 1. Bundesliga gelang.

Nach fulminanten Pokalauftritten, in denen unter Trainer Karl-Heinz Richter drei Erstligisten infolge eliminiert wurden, stand Zweitligist MT am 30. April 1996 im Endrundenturnier um die deutsche Pokalmeisterschaft. Im Halbfinale in Hamburg erwies sich Bundesliga-Dino TuSEM Essen allerdings als ausgebuffter. Die 1.000 mitgereisten nordhessischen Handballfans feierten ”ihre MT-Pokalhelden” trotz der 17:22-Niederlage wie einen Sieger. Im Jahr darauf, 1997, wurde die ”Männerspielgemeinschaft” MSG Melsungen/Böddiger gegründet. 

Genau am 7. Mai 2005, hieß es für Melsungen dann: ”Nie mehr zweite Liga!”. Sportlich möglich gemacht hatte dies letztlich Trainer Rastislav Trtik, der mit ”verrücktem Angriffshandball” die Liga aufgemischt und die Zweitliga-Konkurrenten deutlich abgehängt hatte. Die wirtschaftlichen Weichen indes wurden schon Ende der 90er mit der Gründung einer Spielbetriebs-GmbH gestellt. Unter der Geschäftsführung von Martin Lüdicke und dem später gegründeten Aufsichtsrat mit Barbara Braun-Lüdicke an der Spitze nahm die MT den entscheidenden Anlauf zum Sprung in die höchste deutsche Spielklasse. 

Nach fünf „Lehrjahren“ mit Platzierungen in der zweiten Tabellenhälfte etablierte sich die MT allmählich. Mit der Verpflichtung von Michael Roth als Trainer ging es dann kontinuierlich aufwärts. Bessere Saisonergebnisse, ein mit mehr deutschen Spielern besetzter Kader mit starkem Identifikationspotenzial für die größer werdende Fangemeinde und sportliche Highlights wie die beiden FinalFour-Teilnahmen im DHB-Pokal 2013 und 2014 machten den positiven Prozess deutlich.

Seit 2007 trägt die MT ihre Heimspiele in der Kasseler Rothenbach-Halle aus. Bis zu 4.300 Zuschauer feuern dort ihre nordhessischen Handballhelden an. Mit dem Gewinn des ehemaligen Nationalspielers Axel Geerken als neuen Manager und der Umwandlung des wirtschaftlichen Trägers des Bundesligateams von einer GmbH in eine nicht-börsennotierte AG in 2012 wurden die professionellen Strukturen des Clubs weiter optimiert. Das hatte auch Auswirkungen auf die sportliche Entwicklung. Nach dem Vorstoss in 2014 unter die besten sechs Mannschaften der Bundesliga, schaffte die MT im gleichen Jahr erstmalig auch den Sprung auf die internationale Ebene. Dort erreichte sie in 2015 im EHF Cup auf Anhieb das Viertelfinale und bestätigte in der nationalen Meisterschaft den 6. Platz des Vorjahres. Den vorläufigen Höhepunkt der Erfolgsgeschichte der MT-Handballer komplett machten in diesem Jahr der Aufstieg der Zweiten Mannschaft in die Oberliga Hessen und der Aufstieg der A-Jugend in die Jugend-Bundesliga!